真耶穌教會臺灣神學院創立於1963年9月，本院學制如下：
- 神學系
神學系是栽培傳道的正規學系，每年招生一次，修業年限四年。本院創院之初，設有神學系修業二年、神學專修科修業三年。自1983年起，科與系合併為神學系，修業四年（含半年實習），成績合格者，發給畢業證書。
- 神學研究所
神學研究所為樹立純真樸實的精神及紮實的學術根基，以造作、儲備、光大本會屬靈文化資產，並協助真耶穌教會世界傳道及真道傳承事工，而結合神學研究及聖工發展，使本會傳道工作屬靈且專業，培養本會所需的文字傳道人才、神學教育師資，於2000年成立神學研究所，修業二年，成績合格者，發給畢業證書。
- 長執志工訓練班
志工訓練班只限招收長執，定名為「長執志工訓練班」，培訓「志工傳道」；依志工訓練辦法每年招收二期。修完學分發給「研習志工訓練課程」證明。修完兩年課程（一年學科、一年實習）發給結業證書。若有意願擔任代理駐牧之長執，須再牧會實習一年以上，經總會負責人會通過後，得奉派協助各地聖工。
- 短期神學訓練班
短期神學訓練班，1982年開辦社會組神學訓練班，每年一期，每期一個月，三年結業。自2001年起改為學分班，每年分春秋兩梯次舉行，每梯次5天，修習1.5學分。
1984年開辦大專組神學訓練班，每年一期，每期三週，三年結業。每期修習5.5學分，三年共修習16.5學分。
2007年開辦長青組神學訓練班，每年一期，每期四天，每期修習1學分。